Qdmail - PHP::Mail Library , Quick and Detailed for Multibyte

Qdmail 1.0.9bからは、電子署名ができます。これにより、よりセキュアなメールをQdmailから送信することができます。（なお、これは暗号化ではなく、署名です。）
1.0.9b現在は、S/MIME方式のみをサポートしています。

なお、この機能を使用するには、OpenSSLモジュールがPHPに組み込まれている必要があります。
また、現状では、SMTP送信でないと正しく送信できません。

電子署名でできること

• メール本文が経路途中で改ざんされていないことを保証する（本文のみです。ヘッダーは対象外。）
• 「あなたが」署名したメールであると証明できる（ただし、オレオレ証明書でないことが条件です。）
• テキストメールだけでなく、ＨＴＭＬメール、添付ファイルがあっても、その改ざんがないことを保証でききる

例）
三井住友銀行、東京三菱銀行などは、顧客に送るメールすべてにS/MIME方式による電子署名をしています。これにより、フィッシング詐欺などのリスクを減らしています。

条件

貴方（貴社）が、権威ある認証機関から正当な公開鍵証明書をもらっている必要があります。
といっても、制限付きながら私が無料でもらえるぐらいですから、理解さえすればそんなにハードルは高くありません。
商用で使う場合は、ベリサインなどの会社から有償で証明書を購入するのがよいでしょう。